Джонси, Генри, Пит и Бивер. Двадцать лет назад они были просто мальчишками, проживающими в одном небольшом городке штата Мэн, — детьми, нашедшими в себе достаточно мужества, чтобы героически ответить на детскую жестокость. Награда за спасение странноватого мальчика по имени Даддитс совершенно неожиданно пришла к ним в виде сверхъестественных сил, связавших всех пятерых крепчайшими узами братства.

Прошло пять лет с тех пор, как Питер осознал, что «с Великой силой приходит Великая ответственность!», и три года с тех пор, как он отказался быть борцом за справедливость. Но сейчас кажется, Питер прекрасно научился жить несколькими жизнями. Он хорошо учится, Нью-Йорк признал его героем, отношения с Мэри Джейн прочные. Питер даже намеревается сделать ей предложение!

Но к сожалению, его лучший друг Гарри Озборн по-прежнему считает, что именно Человек-паук несет ответственность за безвременную кончину его отца. Гарри намеревается отомстить ему в образе Нового Гоблина. В то же самое время на криминальной сцене Нью-Йорка появляется другой могущественный суперзлодей, известный как Песочный Человек.

Когда Человек-паук надевает таинственный черный костюм, его темная, более мстительная сторона полностью поглощает его. Эти трансформации заставляют его встретиться с самым сильным противником ― с самим собой…

С момента событий, произошедших в первом фильме, прошло два года. Тихоня Питер Паркер сталкивается с новыми проблемами: он борется со своим «даром и проклятьем», отчаянно пытаясь балансировать на грани двух своих жизней: метающего паутину супергероя Человека-Паука и обычного студента колледжа…

Мучимый своими секретами, Питер понимает, что его отношения со всеми, кто ему дорог, в опасности или заходят в тупик. Его любовь к Мэри Джейн становится еще сильнее, обостряемая порывом Питера раскрыть ей свой секрет и признаться в любви. Дружба с Гарри осложняется горечью молодого Осборна по умершему отцу и всё большим желанием отомстить Человеку-Пауку.

Даже любимая тетушка Мэй, у которой были нелегкие времена после смерти дяди Бена, начинает что-то подозревать насчет своего племянника. Жизнь Питера становится еще более сложной, когда он сталкивается с новым суперзлодеем — доктором Отто Октавиусом. Питер должен использовать все свои суперспособности, чтобы одолеть этого жестокого безумца с восемью конечностями…

Еще вчера Питер Паркер был обычным школьником, которого все считали неудачником и занудой, но в один прекрасный день с ним происходит чудо. Питера кусает паук-мутант, после чего с нескладным юношей происходит фантастическая метаморфоза!

Невероятным образом обостряются все его чувства. Он обретает огромную силу и ловкость, а главное, умение лазать по стенам и выбрасывать прочную как сталь паутину! Так Питер начинает новую жизнь в образе таинственного Человека-паука, спасителя людей и грозы преступного мира.

Они — дети атомного века, сверх люди, новое звено в цепи эволюции. Каждый из них был рождён в результате уникальной генетической мутации, наделившей их с детства необыкновенными способностями. В мире, где царят ненависть и предрассудки, мутанты — причуда науки и каприз природы. Этих изгоев ненавидят и боятся, те кто не способен понять и принять их индивидуальность. И всё же, несмотря на невежество и агрессивность масс, тысячи мутантов выживают.

Под руководством профессора Чарльза Ксавьера (Патрик Стюарт), телепата с мировым именем, одарённые ученики научились контролировать и управлять своими удивительными способностями в интересах человечества.

Но не все мутанты разделяют взгляды профессора: могущественный мутант Магнето, которому подвластны все металлы, собрал команду единомышленников. Он не верит, что люди и мутанты когда-либо смогут мирно сосуществовать. Они разработали план, чтобы осуществить захват власти над миром, и тогда, только ученики профессора Ксавьера смогут защитить этот мир…

Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится еще более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями.

Внезапное нападение снова становится причиной политического и общественного резонанса по поводу введения повсеместной регистрации мутантов и причиной образования движения против мутантов, возглавляемого Уильямом Страйкером, бывшим военным, который, по слухам, проводил опыты над мутантами.

Работа Страйкера была каким-то образом связана с таинственным прошлым Логана, которое он не помнит. Как только Росомаха начинает пытаться разгадать свое прошлое, Страйкер активирует свою программу, направленную против мутантов, т. е. организует штурм на дом профессора Ксавье.

Сбежавший из пластиковой тюрьмы Магнето предлагает Людям Икс объединиться и сражаться вместе против их общего устрашающего врага Страйкера. На этот раз Люди ИКС сталкиваются с самой серьезной задачей, которая когда-либо стояла перед ними: сейчас в их руках судьбы не только всех мутантов, но и всего человечества.

Людям Икс, во главе с профессором Чарльзом Ксавьером, приходится вступить в битву с самой эволюцией в лице их воскресшего товарища по команде… Джин Грэй, возрожденная в облике Темного Феникса, представляет опасность не только для самой себя, но и для мутантов и для всей человеческой расы.

А когда наконец найдено возможное лекарство — то, что может предотвратить генетические мутации — наступает время решающей битвы между Людьми Икс, Братством Магнето и человечеством.