Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против Армии Машин. Для уничтожения системы репрессий и эксплуатации они вынуждены прибегнуть не только к арсеналу превосходного оружия, но и к своим выдающимся навыкам.

Участие в миссии по спасению человеческой расы от ее полного истребления приносит им более глубокое понимание конструкции Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.

Джейк Салли — бывший морской пехотинец, прикованный к инвалидному креслу. Несмотря на немощное тело, Джейк в душе по-прежнему остается воином. Он получает задание совершить путешествие в несколько световых лет к базе землян на планете Пандора, где корпорации добывают редкий минерал, имеющий огромное значение для выхода Земли из энергетического кризиса

Действие происходит в ближайшем будущем, когда экономика США начнёт своё снижение и на страну обрушится волна насилия. Чтобы сдержать постоянно растущее уголовное население создаются частные тюрьмы. Худшая из этих тюрем — Терминал Айленд, где заключенным приходится воевать с другими заключенными за свою жизнь в телевизионном шоу.

Элис продолжает свой путь в мире, поражённом вирусной инфекцией, превращающей людей в нежить. Героиня ищет оставшихся в живых, чтобы вывести их в безопасное место. Её смертельная битва с корпорацией Амбрелла выходит на новый уровень…

Воины-ниндзя становятся свидетелями того, как огненный шар падает с неба недалеко от их деревни. Вскоре они находят пришельцев, которые нападают на них. Выжившие клянутся отомстить, но позже выясняется, что их оружие бесполезно…

Бродячий цирк привозит в маленький городок новую «диковинку» — монстра, запертого в клетку. Когда чудовище сбегает из-под замка и приступает к истреблению горожан, на защиту жителей встает шериф Сэм Атлас. Однако плотоядный беглец оказывается лишь одной из его проблем…

2080 год. Во время выставки древних экспонатов на знаменитого ученого нападает отряд киборгов. Убить доктора Мастерсона им не удается, но погибает жена полицейского инспектора Кидда. Теперь его цель — отомстить. Кидд отправляется в прошлое, в 2020-й год, куда должны отправиться и киборги, чтобы, все-таки, убить Мастерсона, пока тот — еще ребенок.