История фильма является приквелом к компьютерной игре «Assassin`s Creed II» и спин-оффом «Принца Персии». Сюжет фильма сфокусирован на отце центрального персонажа «Assassin`s Creed II», Джованни Аудиторе де Фиренце.

Джованни — ассасин, живущий в эпоху Ренессанса в XV веке в Италии. На заре новой эры, некая коррумпированная семья готовит заговор с целью свержения могущественной семьи Медичи и уничтожении единой Италии. Как ассасин, Джованни должен противостоять этой угрозе и восстановить справедливость. Сюжет фильма представляет ситуацию до событий «Assassin`s Creed II», но показывает врагов и окружение как главного героя фильма, так и его сына (главного героя «Assassin`s Creed II»).